David Baltimore, président émérite de Caltech et professeur distingué de biologie, est un virologue qui a reçu le prix Nobel pour ses recherches sur la génétique virale. Baltimore a été l’un des organisateurs de la première conférence d’Asilomar sur l’ADN recombinant, qui s’est tenue en 1975 pour discuter de l’éthique et de la réglementation des biotechnologies. Nous nous sommes assis avec lui pour discuter du débat sur les origines du SRAS-CoV-2.
Quels sont les arguments qui suggèrent que le SRAS-CoV-2 est un virus qui a évolué naturellement ? Quelles sont les preuves qui suggèrent qu’il pourrait provenir d’un laboratoire de Wuhan, en Chine, et y avoir été libéré accidentellement ?
L’argument selon lequel il s’agit d’un virus ayant évolué naturellement repose sur la conviction qu’au cours de l’évolution, toute séquence d’ARN ou d’ADN peut évoluer.
Les biologistes ont vu ce que l’évolution peut créer : l’ensemble du monde naturel qui nous entoure. Nous croyons que l’évolution peut tout faire. Mais le fait que l’évolution ait pu générer le SRAS-CoV-2 ne signifie pas que c’est ainsi qu’il est apparu. Je pense que nous devons absolument découvrir ce qui s’est passé à l’Institut de virologie de Wuhan. Je pense que nous ne pouvons pas encore dire avec certitude si le virus SRAS-CoV-2 est d’origine naturelle ou s’il a été manipulé génétiquement d’une manière ou d’une autre.
Récemment, vous avez été cité comme disant : « Lorsque j’ai vu pour la première fois le site de clivage de la furine dans la séquence virale, avec ses codons arginine, j’ai dit à ma femme que c’était le pistolet fumant pour l’origine du virus. Ces caractéristiques remettent fortement en question l’idée d’une origine naturelle du SRAS2. »
Pouvez-vous nous expliquer cette citation ?
Je tiens à préciser que, même si j’ai utilisé l’expression « pistolet fumant », je ne pense pas vraiment qu’il y ait un pistolet fumant dans le génome lui-même.
Dans le génome du SRAS-CoV-2, il y a une insertion de 12 nucléotides qui est entièrement étrangère à la classe de virus bêta-coronavirus à laquelle appartient le SRAS-CoV-2. Il existe de nombreux autres virus de cette classe, y compris le plus proche parent du SRAS-CoV-2 par la séquence, et aucun d’entre eux ne possède cette séquence. Cette séquence est appelée site de clivage de la furine.
Pour revenir un peu en arrière : Afin d’infecter une cellule, la protéine spike à la surface des virus comme le SRAS-CoV-2 doit d’abord être coupée, ou clivée. La coupure n’a pas besoin d’être terriblement exacte, mais elle doit être coupée. Les différents virus attirent différents types de « ciseaux » cellulaires, pour ainsi dire, pour effectuer cette coupure ; le site de clivage de la furine attire la protéine furine qui fournit le moyen le plus efficace de faire une coupure. Il n’est pas nécessaire d’avoir un site de clivage de la furine pour couper la protéine, mais cela rend le virus plus efficacement infectieux.
Alors, d’où vient la furine dans le SRAS-CoV-2 ?
D’autres virus possèdent des sites de clivage de la furine, d’autres coronavirus, mais pas la famille des bêta-coronavirus. Les nucléotides de cette séquence pourraient donc avoir sauté d’un autre virus. Personne n’a identifié un virus possédant exactement cette séquence, mais elle pourrait provenir d’un virus proche, puis avoir évolué vers la séquence que nous observons aujourd’hui.
Je suis tout à fait disposé à croire que cela s’est produit, mais je ne pense pas que ce soit la seule façon dont cette séquence ait pu apparaître. L’autre possibilité est que quelqu’un ait pu la mettre là. Il est impossible de distinguer les deux origines en regardant simplement la séquence. Donc, naturellement, vous voulez savoir si des personnes du laboratoire de virologie de Wuhan manipulaient les séquences génétiques virales ?
C’est vraiment une question d’histoire : Que s’est-il passé ?
Lorsque j’ai vu pour la première fois la séquence du site de clivage de la furine - comme je l’ai dit, les autres bêta-coronavirus n’ont pas ce site -, il m’a semblé raisonnable de penser que quelqu’un l’avait mis là. Maintenant, je ne sais pas si c’est vrai ou non, mais je sais que c’est une hypothèse qui doit être prise au sérieux.
Pourquoi est-il important de savoir d’où vient le virus ?
Eh bien, je pense que nous voulons connaître la voie de génération de nouveaux virus hautement infectieux susceptibles de provoquer des pandémies, car nous voulons nous protéger contre une telle éventualité. Si cela s’est produit par des moyens naturels, cela signifie que nous devons renforcer notre surveillance de l’environnement naturel. Nous devons essayer de trouver les hôtes qui permettent au virus de modifier sa séquence et de devenir plus infectieux. Cela signifie que nous devons continuer à surveiller les marchés, les zoos, les endroits où les virus peuvent passer d’une espèce à l’autre.
Mais si le SRAS-CoV-2 est apparu par un moyen artificiel, cela signifie que nous devons mettre en place de meilleures défenses autour des laboratoires. Je ne suggère pas qu’il a été délibérément libéré s’il provient d’un laboratoire, mais nous devons réaliser que tout ce que fait un laboratoire peut sortir du laboratoire et faire des ravages. Cela signifie que les travaux de ce type ne devraient se dérouler que dans ce que l’on appelle des laboratoires de niveau de biosécurité 4.
Par le passé, vous avez beaucoup parlé de l’éthique entourant les technologies d’édition de gènes comme CRISPR/Cas-9. Bien que les origines du SRAS-CoV-2 ne soient toujours pas claires, la manipulation des génomes viraux suscite-t-elle de nouvelles préoccupations éthiques ?
Nous disposons de toute une panoplie de moyens pour manipuler les séquences des génomes viraux. Celles-ci deviennent beaucoup plus dangereuses si elles peuvent sortir du laboratoire et causer des problèmes. C’est la genèse de la première réunion d’Asilomar en 1975. Lors de cette réunion, nous avons discuté de l’éthique entourant la technologie de l’ADN recombinant. Nous étions inquiets que des choses génétiquement manipulées puissent sortir du laboratoire et être dangereuses. Je dois dire qu’à l’époque, je ne prenais pas la question de savoir si, dans le processus d’expérimentation en laboratoire, nous pouvions générer de nouveaux organismes dangereux aussi sérieusement qu’il me semble maintenant.
Mais pour essayer de comprendre les phénomènes de croisement et se préparer à la prochaine pandémie, les scientifiques doivent pouvoir étudier les virus en laboratoire. Comment concilier la sécurité avec les avantages potentiels de l’étude des virus ?
Nous voulons savoir quelles astuces les virus ont développées, car elles nous sont utiles à bien des égards : Ils nous indiquent ce qu’il faut surveiller, ce dont il faut se méfier. Les virus sont très inventifs dans ce sens. Ils ont toutes sortes d’astuces, dont beaucoup n’ont jamais été observées dans d’autres organismes que les virus. Nous voulons connaître toutes ces astuces afin d’être prêts à les contrer.
Les travaux en virologie sont très importants de ce point de vue et nous donnent aussi des astuces que nous pouvons utiliser pour concevoir, par exemple, des vecteurs de thérapie génique porteurs de gènes bénéfiques ou de molécules thérapeutiques. À Caltech, mes collègues développent ces types de technologies de vecteurs viraux qui pourraient traiter, par exemple, la maladie de Huntington.
Lorsque je me suis penché sur le monde des virus il y a 20 ou 30 ans, j’étais un jeune virologue. Il me semblait que les virus faisaient très peu de choses de bien. La plupart de leurs actions étaient mauvaises et provoquaient des maladies de toutes sortes, voire des cancers. Aujourd’hui, il est possible de manipuler les virus. Les chercheurs peuvent supprimer le matériel génétique qui rend un virus dangereux, qui rend les gens malades, et utiliser le virus comme un emballage pour faire pénétrer une thérapie souhaitée dans les cellules. C’est une chose incroyablement puissante et positive que les virus peuvent faire. Ils ne traitent pas naturellement les maladies, mais nous pouvons les manipuler pour qu’ils deviennent des vecteurs qui nous permettent de combattre les maladies.
